財政部台北國稅局表示，103年5月證所稅首次申報，國稅局在104年3月寄發輔導民眾補申報102年度證所稅通知後，接獲許多民眾詢問如何計算證券交易所得額及應納稅額，並列報證券交易所得。
國稅局提醒，納稅義務人當年度如有應核實課稅的證券交易所得，不論盈虧或為0，皆應依以下五步驟計算應納稅額，並填報證券交易所得稅稅額申報表，或於法定申報期間內以綜合所得稅電子申報繳稅系統申報。步驟如下：
步驟一：辨認出售之股票是否屬課稅範圍，如屬課稅範圍，再按先進先出法認定股票持有期間。
步驟二：每檔股票個別計算年加權平均成本。但是，居住者承銷取得且數量在1萬股（含）以下之IPO股票及於上市或上櫃買賣開始日以後取得的股票的取得成本，不與當年度納稅義務人同檔其他股票的取得成本併同按加權平均法計算股票成本。
步驟三：將屬課稅範圍的股票，分成「IPO股票於上市、上櫃以後繼續持有滿三年以上」、「出售持有滿一年以上之股票」及「出售持有未滿一年之股票」三類，分別計算各類股票淨損益，再來合計。
步驟四：將步驟三的證券交易損益合計數，依所得稅法施行細則第19條之2規定盈虧互抵，計算證券交易所得或損失。
步驟五：將步驟四的證券交易所得，按稅率15%計算證券交易所得應納稅額。
