兩岸租稅協議生效後保有投票權、年資與勞健保將判定為國內居住者課稅權由台灣取得
長期派駐大陸的台籍員工，兩岸租稅協議生效後，如仍保有台灣投票權、台灣工作年資與勞健保福利等，有望判定為台灣居住者，課稅權由台灣取得。
財政部指出，兩岸租稅協議對於雙重居住者採取破除僵局法則，一經認定是台灣居住者，對岸即不再課稅，包括處分台灣資產獲益與在台給付薪資等所得，大陸地區需提供免稅待遇，稅負將大幅下降。
財政部舉例，甲是台灣A公司員工，在台有戶籍並保有工作年資，甲自2007年起長期派駐A公司在大陸的關係企業B公司任職，大陸B公司給付甲的年薪為96萬元。103年度，甲在大陸工作天數為290天，另外75天返台開會，期間，甲自A公司領取薪資24萬元，同年甲出售在台土地一筆，交易所得為500萬元。
在兩岸租稅協議未生效前，甲會被認為是台灣與大陸的雙重居住者，兩岸同時可以對甲課稅。依照兩地的稅法規定，甲在台灣的課稅所得是24萬元、出售土地獲利500萬元免所得稅、在大陸已納年薪96萬元所得稅則可准予扣抵，合計在台實際課稅所得為24萬元。
反之，甲在大陸居留逾五年，依大陸法規，兩岸所得均需申報，包括在台A公司與B公司給付薪資共120萬元、處分台灣土地獲利500萬元，合計應向大陸申報的課稅所得是620萬元。租稅協議前，總計甲103年度兩岸應稅所得是644萬元（24萬元加上620萬元）。
財政部說，因甲在台擁有住所且保有年資、勞健保等相關福利，並擁有投票權，經由兩岸租稅協議判定，甲應屬台灣居住者，因此，甲在台薪資24萬元、處分土地獲利500萬元，大陸不能課稅，甲在兩岸應申報的課稅總所得，會由644萬元降為120萬元，有524萬元的所得大陸需放棄課稅。
雙重居住者在兩岸租稅協議下，只會成為一方的居住者，因此不會出現重複課稅情形。
