財政部國庫署為提供支用機關及受款人更為安全、便捷之庫款支付服務，自79年5月起著手推動存帳跨行通匯作業，即運用財金資訊股份有限公司跨行通匯系統，將受款人應領之款項，直接撥存受款人金融機構存款帳戶。該作業除有效提升庫款撥付效率與服務品質外，同時能撙節國庫支出，在該署長期致力推動存帳跨行通匯政策下，截至104年度止，存帳跨行通匯案件量已逾171萬筆、通匯比率已達96.16%，與79年度15萬筆、26.62%相較，顯有大幅躍升；相對亦使國庫支票簽發張數由79年度411,134張（約占73.38%）降至104年度68,292張（約占3.84%）。
財政部國庫署進一步表示，為提升庫款支付時效與便民服務品質，爰籲請尚未採跨行通匯方式領款之商民，未來於請款時，主動將金融機構存款帳戶資料提供各機關，俾利該署運用財金資訊股份有限公司跨行通匯系統安全快速將庫款直接撥存受款人金融機構存款帳戶，另該署於庫款撥付後，亦提供受款人以網站、電子郵件或電腦自動傳真等多元、便捷之對帳服務，期受款人多多採用跨行通匯方式支領庫款，俾助益中央政府各機關政務之推動。
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