二代健保是將現行一般保險費計費基礎過度依賴經常性薪資所得的情形，予以適度調整，全民健保若只依賴多數薪資所得者，是另一種不公平。目前個人綜合所得有6成來自經常性薪資所得，而現制健保，僅以經常性薪資所得計算保費，形成過度依賴薪資所得者的不公平情形。尤其過去採低底薪、高獎金之行業，一般保險費較低，二代健保就高額獎金扣取補充保險費，將使受僱者的負擔更趨公平合理。

 

        因此，二代健保在勞務所得方面，將沒有列入投保金額計算的高額獎金、兼職所得或執行業務收入等項目，列為補充保險費的計費基礎，計收補充保險費，將使受僱者的負擔更趨公平合理。另外，二代健保也就利息、股利及租金收入等3種資本利得計收補充保險費，亦可改善健保費過度依賴薪資所得的情形，使家戶的保費負擔更公平。

 

         目前所得稅已採就源扣繳，補充保險費的扣繳作業規劃方向與所得稅的扣繳作業相似，雇主或企業僅需微幅調整即可。健保局也編撰了補充保險費扣繳實務手冊，將提供扣費義務人參考使用；此外，亦會規劃相關之電腦作業，提供雇主或企業使用，方便進行扣繳作業。