財政部表示，在年度中解散、廢止、合併或轉讓的營利事業，應於解散、廢止、合併或轉讓的次日起45日內，辦理決算申報及未分配盈餘申報；同時，雖營利事業經核准暫停營業，仍應依法填列股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表。
依據所得稅法規定，凡依我國所得稅法規定課徵營所稅的營利事業，都須設置股東可扣抵稅額帳戶，記錄營利事業應納且已納的所得稅額，並據以計算可分配予股東的可扣抵稅額。
但總機構在中華民國境外者、獨資、合夥組織、教育、文化、公益、慈善機關或團體、或依其他法令或組織章程規定不得分配盈餘的團體或組織，亦或是因分配方式與一般公司不同者，可免設置股東可扣抵稅額帳戶。
財政部官員強調，若營利事業解散或合併，除辦理決算申報及未分配盈餘申報，也應於清算完結日或合併生效日，辦理股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料申報，或是於每年5月1日起至5月31日止，依規定格式填列上一年度內股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表，併同營利事業所得稅結算申報書向所轄稽徵機關申報。
官員舉例說，日前有一營業人A公司於103年11月25日因補繳99年度核定暫繳稅款2.46萬元，導致103年度股東可扣抵稅額帳戶計入項目已發生變動，卻未依規定期限於104年5月31日前申報103年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表，經查獲後裁處罰鍰7,500元。
官員提醒，股東可扣抵稅額帳戶起訖日期，依一般營利事業的會計年度並配合個人綜合所得稅的課稅年度，為每年1月1日至12月31日。但若營利事業的會計年度是採特殊會計年度，也可以向稽徵機關申請，以會計年度的起訖日期作為股東可扣抵稅額帳戶的起訖日期。
若營利事業未依規定設置或記載者，處3,000元以上、7,500元以下罰鍰，稽徵機關並將通知限於一個月內依規定設置或記載；若是再期滿仍未依規設置或記載者，可以按月連續處罰，一直到依規設置或記載時為止。
