財政部南區國稅局表示，有大陸地區來源所得之民眾，如本人、配偶或受扶養親屬，無論大陸地區來源所得金額大小，依「臺灣地區與大陸地區人民關係條例」第24條第1項規定，均應併同臺灣地區來源所得申報，但其在大陸地區已繳納之稅額，得自應納稅額中扣抵。同條文第3項亦規定申報大陸地區來源所得及已納稅額之扣抵數額，不得超過因加計其大陸地區來源所得，而依臺灣地區適用稅率計算增加之應納稅額。
國稅局舉例說明，納稅義務人陳先生104年度綜合所得稅申報戶中，含大陸地區來源所得之應納稅額為新臺幣（下同）10萬元，不含大陸地區來源所得之應納稅額為8萬元，差額2萬元即為該年度大陸地區來源所得之應納稅額可扣抵的上限。倘陳先生在大陸地區繳納之所得稅額低於2萬元，則在大陸地區繳納之所得稅額即可全數扣抵；但如在大陸地區繳納之所得稅額高於（或等於）2萬元者，則在大陸地區所繳納之所得稅額僅能扣抵2萬元。
該局提醒，個人有大陸地區來源所得及扣抵稅額者，應檢附先送經行政院設立或指定的機構或委託的民間團體（目前為財團法人海峽交流基金會）驗證後的大陸地區完納所得稅證明文件，據以申報扣抵稅額；如有漏未申報者，可以在稽徵機關尚未調查或未經檢舉前，儘速依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報補繳，以免遭查獲受罰。
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