營利事業若同一年度承包兩項以上工程，因涉及各項工程完工認列損益問題，因此其工程成本應分別計算，若沒有分別計算成本，導致無法核定其當年度所得額，就需用同業利潤標準進行核定。
除了工程成本混淆不清外，許多營利事業也無法提示工程驗收證明，及相關進料、領、退料、工時與工作紀錄之施工日報表，導致無法查帳核定其當年度所得額。官員表示，遇到這種狀況，通常會被稽徵機關依同業利潤標準核定所得額。
官員舉例，甲公司是經營模板工程業，在99年度營利事業所得稅結算申報案，因該年度承包多項工程，列報工程成本1億2,450萬元，但營業收入及成本並未依各工程別計算入帳，也無法提示估價單，部分工程甚至無法提示工程合約。
甲公司雖事後編製各項工程成本分析表，但經確認各工程業主資料，公司帳載資料與業主資料不相吻合，因此要求公司提示工程驗收單，以及記載工程每日有關進料、領料、退料、工時及工作紀錄的施工日報表供核，但甲公司均無法提示，因此只能按同業利潤標準核定其營業成本，補稅370萬餘元。
該局提醒，若同年度承包多項長期工程，其工程成本應依各工程分別計算，並在國稅局調查時，提示相關證明所得額的帳簿文據供查。
(工商時報)
