財政部南區國稅局表示，為改善以往各類所得扣(免)繳憑單資料網路申報系統上傳僅能以「後檔」覆蓋「前檔」方式，導致扣繳單位無法同時透過不同承辦部門(或人員)網路申報扣（免）繳憑單及股利憑單的問題，國稅局特別讓扣繳單位各業務部門得分別申請「檔案識別碼」(如製造部門配給「A」，銷售部門配給「B」，以此類推)，避免同一扣繳單位網路申報上傳時發生本次申報資料誤覆蓋前次申報資料的情形。
該局說明，「檔案識別碼」以英文字母大寫A~Y表示，最多以申請25個為限，適用於所得人為居住者及非居住者憑單申報，若扣繳單位申請「檔案識別碼」經所屬國稅局核准後，就必須以檔案名稱為「統一編號.檔案識別碼.年度(或給付年月日).U8」才能上傳，若仍以現行檔案名稱「統一編號.年度(或給付年月日).U8」上傳，將無法完成上傳。
該局提醒，扣繳單位若申請「檔案識別碼」，核准函將會核配1組8碼英數字組成的專屬「通行碼」，作為扣繳單位申請與維護密碼使用，並附有「各類所得憑單電子申報系統新增檔案識別碼之新手教學」相關作業流程說明，以利申請者首次使用就能輕易上手。
該局同時也呼籲，已經向國稅局申請由受任單位辦理網路申報非居住者各類所得扣(免)繳憑單的扣繳單位，可由扣繳單位向所屬國稅局申請檔案識別碼，解決現行扣繳單位僅能授權予單一受任單位申報的問題。
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